为深入贯彻落实习近平总书记“两个允许”重大要求，进一步加强全市基层医疗卫生服务能力建设，完善基层运行新机制，提高基层医疗卫生机构人员薪酬待遇，有效调动医务人员积极性，激发基层医疗卫生机构发展活力，西宁市认真贯彻落实省委、省政府综合医改工作部署，创新举措，先行先试，在全省率先实施基层医疗卫生机构“一类保障、二类管理”新模式。
一是实行公益一类财政供给，落实财政经费保障基本功能。落实政府办医职责，公立基层医疗卫生机构由县（区）政府足额安排发展建设经费。对承担的国家基本公共卫生服务项目、重大公共卫生服务项目、落实基本药物制度以及承担的突发公共卫生事件处置任务给予专项补助。落实人员及公用经费，全额保障在编人员、同工同酬人员及离退休人员经费，并参照当地事业单位公用经费标准核定公用经费。
二是实行公益二类管理模式，发挥绩效工资分配导向作用。公立基层医疗卫生机构医疗收入结余资金在扣除医疗成本、事业发展基金以及医疗风险金等后，主要用于绩效奖励。综合考虑本地财力状况、物价消费水平、城镇在岗职工平均水平、公务员规范后的津贴补贴水平、其他事业单位绩效工资水平等因素，核定辖区基层医疗卫生机构绩效工资总量基准水平。扩大内部分配自主权，基层医疗卫生机构可结合单位实际，按照岗位类别、职称级别、技术难度、风险程度等自主决定内部人员绩效工资的分配形式和分配办法。完善基层医疗卫生机构考核评价机制和指标体系，考核结果与个人收入、职称晋升挂钩，并向特色专科、临床一线、关键岗位、业务骨干和作出突出贡献的人员重点倾斜，调动医务人员积极性。
三是健全完善基层服务体系，加大卫生健康人才队伍建设。实行基层医疗卫生机构等级管理，按照国家“优质服务基层行”评价标准，实行基层医疗卫生机构等级评价。深化紧密型一体化管理改革，积极探索乡镇卫生院和社区卫生服务中心延伸举办村卫生室、社区卫生服务站改革试点。加强基层卫生信息化建设，实现市、县、乡、村横向到边、纵向到底的信息网络全覆盖。健全岗位管理制度，动态调整基层医疗卫生人员配备总量。探索人才柔性流动机制，推进人才乡管村用，建立医联体（医疗集团）内管理人员和专业技术人员定期交流和轮训机制。
到2019年底，实现全市乡镇卫生院和社区卫生服务中心等级评价全覆盖，政府举办的乡镇卫生院和社区卫生服务中心（站）全面实施公益一类保障和公益二类管理，建立适应机构发展的绩效分配制度，力促基层机构有活力、医务人员添动力、服务能力得提升。到2020年，实现基层与县（区）级公立医院绩效工资水平统筹平衡，基层医务人员绩效工资逐步增长，人才队伍趋于稳定，基层医务人员积极性充分调动，基层医疗卫生服务能力得到明显提升的目标。